Star Trek: Starfleet Academy spielt im 32. Jahrhundert, einer fernen Zukunft des Star Trek-Franchise, in der sich die Sternenflotte und die Vereinigte Föderation der Planeten von einem katastrophalen Ereignis erholen, wie in Star Trek: Discovery dargestellt. Sie stellt den Zuschauern eine junge Gruppe von Kadetten vor, die zusammenkommen, um einen gemeinsamen Traum von Hoffnung und Optimismus zu verfolgen. Unter den wachsamen und anspruchsvollen Augen ihrer Ausbilder entdecken sie, was es braucht, um Sternenflottenoffiziere zu werden, während sie aufkeimende Freundschaften, explosive Rivalitäten, erste Lieben und einen neuen Feind erleben, der sowohl die Akademie als auch die Föderation selbst bedroht.