Star Trek: Starfleet Academy se ambienta en el siglo XXXII, un período en el futuro lejano de la franquicia Star Trek donde la Flota Estelar y la Federación Unida de Planetas se recuperan de un evento cataclismico, como se muestra en Star Trek: Discovery. Presenta a un joven grupo de cadetes que se unen para perseguir un sueño común de esperanza y optimismo. Bajo la atenta y exigente mirada de sus instructores, descubren lo que se necesita para convertirse en oficiales de la Flota Estelar mientras navegan amistades florecientes, rivalidades explosivas, primeros amores y un nuevo enemigo que amenaza tanto a la Academia como a la propia Federación.
