De wereld eindigde zonder waarschuwing, en alles wat overbleef... was hoop. Een wapenstilstand tussen de mensen van de Twaalf Koloniën en de Cylons – intelligente robots ontworpen door de mensheid – duurt 40 gespannen en stille jaren. Battlestar Galactica begint precies op het moment dat de Cylons een massale genocide plegen tegen de mensheid. Alleen de Battlestar Galactica (een oud oorlogsschip dat op het punt staat te worden ontmanteld en een museum te worden) en de zielen die het geluk hadden aan boord van andere sterrenschepen te zijn, overleefden de aanval. In de nasleep is de bevelvoerende officier van de Galactica, William Adama, verantwoordelijk voor het beschermen van de laatste restanten van het menselijk ras – minder dan 50.000 wanhopige overlevenden. Ondertussen leidt de vernietiging van de Koloniale regering tot de opvolging van de minister van Onderwijs, Laura Roslin, als president. Gedreven door profetische visioenen en politieke noodzaak, reist de Galactica door onbekende ruimte in de hoop de mythische, verloren 13e kolonie – de Aarde – te vinden.
