CIA konzentriert sich auf zwei ungleiche Partner: einen schnellredenden, regellosen und unberechenbaren CIA-Fallbearbeiter und eine nach Vorschrift arbeitende, erfahrene und kluge FBI-Agentin, die an die Rechtsstaatlichkeit glaubt. Als dieses ungleiche Paar der New Yorker CIA-Station zugewiesen wird, müssen sie lernen zusammenzuarbeiten, um Fälle und Kriminelle zu untersuchen, die eine Bedrohung auf US-Boden darstellen, und stellen fest, dass ihre Unterschiede tatsächlich ihre Stärke sein könnten.
