Star Trek: Starfleet Academy er satt til det 32. århundre, en tidsperiode i Star Trek-franchisens fjerne fremtid der Starfleet og Den forente føderasjon av planeter er i ferd med å komme seg etter en kataklysmisk hendelse, slik det er skildret i Star Trek: Discovery. Den introduserer seerne for en ung gruppe kadetter som samles for å forfølge en felles drøm om håp og optimisme. Under instruktørenes våkne og krevende øyne oppdager de hva som skal til for å bli Starfleet-offiserer mens de navigerer gjennom spirende vennskap, eksplosive rivaliseringer, første kjærligheter og en ny fiende som truer både Akademiet og Føderasjonen selv.