CIA draait om twee onwaarschijnlijke partners: een snel pratende, regels overtredende CIA-agent en een volgens het boekje werkende, ervaren en slimme FBI-agent die gelooft in de rechtsstaat. Wanneer dit vreemde duo wordt toegewezen aan het CIA-kantoor in New York, moeten ze leren samenwerken om zaken en criminelen te onderzoeken die een bedreiging vormen op Amerikaanse bodem, en ontdekken ze dat hun verschillen juist hun kracht kunnen zijn.
