Akcja Star Trek: Starfleet Academy rozgrywa się w XXXII wieku, w odległej przyszłości uniwersum Star Trek, gdzie Gwiezdna Flota i Zjednoczona Federacja Planet dochodzą do siebie po kataklizmicznym wydarzeniu, przedstawionym w Star Trek: Discovery. Serial przedstawia widzom młodą grupę kadetów, którzy łączą siły, by realizować wspólne marzenie o nadziei i optymizmie. Pod czujnym i wymagającym okiem swoich instruktorów odkrywają, co trzeba, by zostać oficerami Gwiezdnej Floty, gdy nawiązują kwitnące przyjaźnie, stawiają czoła wybuchowym rywalizacjom, przeżywają pierwsze miłości i mierzą się z nowym wrogiem, który zagraża zarówno Akademii, jak i samej Federacji.