CIA foca em dois parceiros improváveis — um oficial da CIA falastrão, que quebra regras e age por conta própria, e um agente do FBI experiente, inteligente e que segue as regras à risca, que acredita no estado de direito. Quando essa dupla estranha é designada para trabalhar na Estação da CIA em Nova York, eles devem aprender a colaborar para investigar casos e criminosos que representam ameaças em solo americano, descobrindo que suas diferenças podem, na verdade, ser sua força.
