Atlantis, bygget for tusenvis av år siden av de høyt utviklede Ancients, er hjemmebase for en eliteekspedisjon fra Jorden. Disse modige militærkommandantene og forskerne hopper gjennom byens Stargate for å utforske den fantastiske Pegasus-galaksen og kjempe mot de forræderske Wraith, som søker kontroll over Atlantis – for enhver pris.
