CIA est centrée sur deux partenaires improbables : un agent de la CIA grande gueule, rebelle et imprévisible, et un agent du FBI expérimenté, intelligent et respectueux des règles. Affectés à la station de la CIA à New York, ils doivent apprendre à collaborer pour enquêter sur des menaces sur le sol américain, découvrant que leurs différences pourraient être leur force.